Il film The Island finisce con Lincoln e Jordan che riescono a spegnere il sistema olografico che teneva prigionieri i cloni della struttura e, con l’aiuto del mercenario Laurent, li salvano facendoli scappare. Merrick, il loro creatore, viene ucciso dal protagonista in seguito a un confronto permettendo a Jordan e Lincoln di vivere felici la propri vita insieme, veleggiando sulla barca Renovatio, esattamente come sognava il ragazzo all’inizio del film.
L’antefatto della storia di questa pellicola di Michael Bay, regista dell’action Ambulance, ci mette a conoscenza che esistono un gruppo di cloni, denominati agnati, che vivono prigionieri in un centro di ricerca dal dottore e scienziato Merrick (Sean Bean). Lì viene fatto credere a tutti di essere sopravvissuti di un cataclisma naturale che ha sterminato la popolazione e ogni essere vivente, costringendoli a vivere in un luogo isolato e lavorare sodo per vincere una lotteria che li porterebbe su di un’isola, unico luogo sicuro al mondo. Ovviamente è tutto finto e lo scoprono a loro spese Lincoln (Ewan McGregor) e Jordan (Scarlett Johansson), due cloni che vengono a sapere la verità e tentano di scappare dalla struttura.

Il resto del mondo non è a conoscenza dell’esistenza dei cloni e credono che questi siano solo degli esperimenti senza raziocinio o coscienza, atti a fornire organi o gravidanze controllate. Purtroppo Merrick non è stato in grado di creare cloni senza una coscienza e aveva bisogno di costruire quella menzogna per permettere il corretto sviluppo dei loro organi. Per questo motivo, onde evitare che il mondo scopra cosa sta facendo nella struttura, invia il mercenario Laurent (Djimon Hounsou) all’inseguimento dei due fuggitivi che sono effettivamente riusciti a raggiungere Los Angeles e a trovare il vero corpo di Lincoln.
In seguito alla morte del vero Tom Lincoln e alla cattura del clone Jordan, Laurent inizia a comprendere che ciò che viene svolto nella struttura è sbagliato e immorale, vedendo che i due cloni fuggitivi hanno sviluppato delle coscienze e sentimenti umani quali l’amore. Li porta, quindi, nuovamente da Merrick, per poi aiutarli a intrufolarsi nel sistema di sicurezza e spegnere per sempre la struttura. Merrick scopre il loro gioco e tenta di fermarli, ingaggiando una lotta all’ultimo sangue con Lincoln e quest’ultimo ne esce vincitore. La fine del film mostra il mercenario che aiuta gli agnati a fuggire dalla struttura, mentre Lincoln e Jordan partono insieme, ormai innamorati, sulla barca del vero Lincoln per vivere la propria vita.