Shrek e vissero felici e contenti finisce con il protagonista che salva Fiona dalle oscure mire di Tremotino e riesce a farsi baciare da lei poco prima che l’alba lo faccia sparire. Tornato nel suo tempo, prima di stringere il patto con il folletto, può riabbracciare la sua famiglia e festeggiare il compleanno dei suoi figli.
La trama del film ci mostra un flashback in cui i genitori di Fiona, Harlod e Lilian, regnanti di Molto Molto Lontano, siano preoccupati che la figlia non riuscirà mai a tornare umana e resterà un orco per tutta la vita. Si dirigono al campo di Tremotino, un folletto malvagio che convince le persone a stringere patti con lui per manipolarli e ottenere ciò che lui in realtà vuole. Stanno per cedergli il regno, ma un attimo prima di firmare vengono avvisati che Fiona è stata tratta in salvo e si è sposata, come vediamo nel capitolo originale della saga.
Si ritorna nel presente in cui Shrek vive con la sua famiglia una routine stressante, senza più poter essere l’orco libero che ha sempre voluto essere. Al compleanno dei suoi bambini perde la pazienza e se ne va infuriato, ma trova sulla sua strada proprio Tremotino che gli tende un tranello magico. Potrà vivere un giorno come un vero orco, senza la sua famiglia a disturbarlo, in cambio deve solo cedere allo stregone un giorno della sua infanzia. Dopo aver accettato si ritrova catapultato in una versione alternativa del suo universo in cui Tremotino ha impedito a Shrek di nascere, e quindi di salvare Fiona e non far firmare la cessione del regno ai suoi genitori.
Il folletto è il nuovo re e le sue streghe dominano ovunque seminando il terrore. C’è una clausola sul contratto, però, ovvero di riuscire a ricevere un bacio di vero amore da Fiona. Dopo averla trovata, scopre che l’orchessa non ne poteva più di aspettare un cavaliere che la aiutasse e si è salvata da sola, scappando dalle grinfie del drago. Ha dato, quindi, il via a una resistenza di orchi contro il malgoverno di Tremotino e Shrek, per far colpo su di lei, si unisce a loro. Dopo una serie di peripezie e dinamiche concitate, il gruppo riesce a fare irruzione nel covo dell’antagonista e a salvare gli amici che erano stati precedentemente catturati. Grazie a un gesto di coraggio e altruismo di Shrek, Fiona capisce che è innamorata di lui e lo bacia poco prima che l’alba lo cancelli per sempre.
Il film finisce con Shrek che torna nella sua linea temporale originale e comprende quanto la sua vita sia migliore con la sua famiglia. Li riabbraccia e si unisce a loro con i festeggiamenti. Tremotino viene tenuto rinchiuso in una gabbia e tutti insieme si divertono.
Shrek e vissero felici e contenti è stato l’ultimo capitolo della saga dell’orco buono, sebbene la sua storia non sia affatto finita. Nel corso di quest’anno è stato infatti annunciato il ritorno del cast originale con il quinto film dedicato a Shrek. Curiosità sul quarto vuole che Cameron Diaz, che presta la voce a Fiona, avesse chiesto che la trama di “e vissero felici e contenti” fosse più ecologista e trattasse della cura che si deve riservare alla propria casa, in questo caso la palude.