The Bourne Supremacy è stato girato in Germania, a Berlino, negli Stati Uniti a Los Angeles e New York e una piccola parte anche in Russia. In ogni caso le location coinvolte sono state quasi interamente quelle della capitale tedesca.
L’inizio del film, così come tutti i flashback che sperimenta il protagonista nel corso della storia, sono ambientati e girati in Russia, a Mosca. Il finale è, invece, si è svolto a Manhattan, New York, mentre a Los Angeles delle panoramiche. Per quanto riguarda Berlino, quasi tutto il film è ambientato e girato qui. Al Alexanderstraße, sul tetto si trova Jason che si piazza con il fucile da cecchino, al numero 32 di Karl-Liebknecht-Straße si sono svolte le riprese del quartier generale della CIA e le parti ambientate alla stazione televisiva ci si trova alla Fernsehturm. Sia l’arrivo alla metropolitana che la chiamata alla CIA avviene alla Ostbahnhof Friedrichshain e la villa di Monaco che esplode è in realtà a Kaiserstraße. Infine, poco prima della suddetta esplosione quando Bourne lascia il luogo, le riprese si sono svolte a Am Grossen Wannsee, Zehlendorf.
The Bourne Supremacy è il secondo capitolo della saga tratta dalla penna di Robert Ludlum. In qualche modo è stato anche il ruolo maggiore e più longevo dell’attore Matt Damon. Una piccola curiosità, che in pochi sanno, è che la versione di Damon non è la prima, ma che sarebbe il remake di un’altra trasposizione risalente agli anni ’80.